Sejak 2003 setidaknya ada empat UU yang dapat dijadikan landasan hukum dan landasan operasional BPK: UU No. 17/2003 tentang Keuangan Negara; UU No. 1/2004 tentang Pembendaharaan Negara; UU No. 15/2004 tentang Pemeriksaan Pengelolaan dan Tanggung Jawab Keuangan Negara; serta terakhir UU No. 15 tahun 2006 tentang BPK.
UU No. 15 tahun 2006 ini merupakan penyempurnaan dari Undang – Undang Nomor 5 Tahun 1973 tentang BPK yang dianggap sudah tidak sesuai dengan perkembangan sistem ketatanegaraan, baik pada pemerintahan pusat maupun pemerintahan daerah;
Dalam UU No.15 tahun 2006 ini secara jelas dikatakan bahwa BPK harus berposisi sebagai lembaga pemeriksa yang bebas, mandiri, dan professional. Ini sangat diperlukan ddalam rangka upaya menciptakan pemerintahan yang bersih dan bebas dari korupsi, kolusi dan nepotisme.
